The first food DNA workshop was a success

Thanks to our dedicated team of participants who went through all the steps of the protocol with rigour and good humour, we obtained DNA from complex food samples!

A first in a community setting, this was a proof-of-concept: it is possible to obtain DNA from food using relatively simple and affordable equipment and protocols.

© Alain Herzog / 2019 EPFL

© Alain Herzog / 2019 EPFL

We sequenced: pesto, minced meat, fish fingers, paprika chips, onion sprouts, chicken salad, ground almonds, a mix of grains, yoghurt, falafels, horseradish cream cheese and a tuna sandwich.

8 of the 12 samples provided considerable amounts of data. You can download the data here https://we.tl/t-TwI6Tq7Lke (link valid until 3rd of June 2019 at 4pm)

This is an example of one of the sequences:

CTAGCATCGCCCTTTGTAACGATCAAGACTGG TAAGTCCATCGGTCCCATACAGTTGTCCGTAAT GCCAGTAGAAGATTCGGCGCTACCGCGGCCC TGCTTCTTCAGGTGGAACTCCAGGTTGAGTTAC TCAGAATGCTGCCAATATATCCAATGCCAGCAG TTTGGTACTCAAGAGTATAATAAGTCAATTTGCT CTTTAACACCAGCTTTGAAATCCAACACTCGCT TTAGTCTCTGTTTGGTGACATAC

Which of the following food samples do you think this sequence came from - paprika chips, cream cheese or tuna sandwich?

Tip: you can copy-paste it in to https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

Answer below.

The next steps are: to find a reliable way to analyse the thousands of sequences this produces, to see if we can clearly identify ingredients and if all foods present show up in the data, as well as figure out why some samples (marked with x) failed. Maybe the blender wasn’t strong enough, or the additives in the food inhibited the chemical reactions…

If you have any ideas, do get in touch via dna@foodrepo.org !

You can check out photographs from the event as well as the protocol here: www.foodrepo.org/dna. If you try out the protocols, let us know - we’d love to hear feedback and/or collaborate.

Read the news article published on EPFL homepage: https://actu.epfl.ch/news/enabling-consumers-to-analyze-their-food-s-dna/

Answer: it is capsicum, from the paprika chips https://en.wikipedia.org/wiki/Capsicum_annuum

Where technology meets food transparency: Food Repo expands to include DNA!

A simple, affordable and open lab protocol to sequence the DNA in food? Access to the DNA sequence of your lasagna? Coming soon! We’re working on it—with a team of biohackers, food specialists and consumer rights advocates.

Find out more: www.foodrepo.org/dna

FoodRepo wird wieder an den kommenden Open Food Hackdays an der EPFL am 27. und 28. Januar 2018 dabei sein. Mehr erfahren

Wie die Besucher unserer Website vielleicht bemerkt haben, haben wir unseren Namen von OpenFood in Food Repo geändert. Die Namensänderung spiegelt unsere Pläne wider, noch individueller zu werden und über die Schweiz hinaus zu expandieren. Beides wäre mit dem Namen OpenFood schwierig gewesen. Wie im Logo zu sehen ist, bleiben wir jedoch voll und ganz der Open Data Idee verpflichtet, und außer dem Namen ändert sich nichts. Wir freuen uns darauf, Food Repo in den kommenden Monaten und Jahren noch weiter auszubauen!

Interessiert daran, OpenFood zu helfen? Heute geht die OpenFood Community an den Start! Zuallererst benötigen wir Ihre Hilfe, um die Gewichtsangaben der Produkte zu vervollständigen. Wir freuen uns auf Ihr Engagement! (Die OpenFood Community ist im Moment nur in English verfügbar, aber das wird sich in Kürze ändern.)

Wir haben vor kurzem das OpenFood API V3 veröffentlicht – eine stabile Version, die wir für eine sehr lange Zeit unterstützen werden. V1 wurde vor allem für den internen Gebrauch konzipiert; V2 wurde für den öffentlichen Gebrauch konzipiert, aber bei den letzten Open Food Hackdays erhielten wir sehr wichtiges Feedback, welches uns dazu bewegt hat, unseren Ansatz neu zu überdenken. Das Ergebnis dieses Prozesses ist V3.

Du kannst das API selbst ausprobieren, indem Du einen API-Schlüssel holst und einen Blick auf die Dokumentation wirfst. Wir haben auch eine Reihe von Beispielen veröffentlicht und werden diese in Bälde weiter ergänzen. Last but not least: Entwicklern empfehlen wir, den OpenFood Developer Newsletter zu abonnieren, um über die neuesten Entwicklungen informiert zu bleiben.

Wir freuen uns darauf zu sehen, was die Community damit baut!

Wir möchten auf einen Anlass am 6. April an der EPFL aufmerksam machen.

An diesem Tag werden wir den ersten “Treffe die OpenFood Entwickler” Anlass an der EPFL in Lausanne organisieren. Der Anlass findet im QIE Raum statt, welcher sich im E Gebäude im Innovation Park befindet).

Dieser Anlass ist für all diejenigen, die daran interessiert sind, die Vorteile von OpenFood zu ihren Interessensgemeinschaften zu bringen. Das komplette OpenFood Entwickler Team wird vor Ort sein, um persönlich über sämtliche OpenFood-relevante Themen zu diskutieren (von technischer Unterstützung bis hin zur Besprechung von konkreten Zusammenarbeiten)

Damit wir den Anlass gut planen können, bitten wir um Anmeldung (Platzanzahl beschränkt).

Wir freuen uns darauf zu sehen, was mit OpenFood Daten gemacht werden kann, und hoffen auf zahlreiches Erscheinen an der EPFL in ein paar Wochen!

OpenFood wird an den Open Food Hackdays in Lausanne und Zürich am 10/11 Februar teilnehmen. Mehr dazu hier.

Willkommen bei openfood.ch - eine Open Access Datenbank mit Informationen über in der Schweiz verkaufte Lebensmittel mit Barcode.

Ist eine solche Datenbank notwendig? Absolut. Heute gibt es keine Datenbank über Schweizer Lebensmittelprodukte, die wirklich offen, frei und - vielleicht am wichtigsten - programmgesteuert über ein API zugänglich ist. Der letztgenannte Punkt ist besonders wichtig, da er die Schaffung eines Ökosystems rund um offene Lebensmitteldaten ermöglicht, eines der Hauptziele von openfood.ch.

Dies ist die erste Version von openfood.ch. Die Datenbank ist bei Weitem noch nicht vollständig, aber die über 14.000 Produkte in der Datenbank sind ein guter Start. Wir hoffen, dass die “Crowd” uns helfen wird, die Datenbank zu erweitern und die Qualität zu erhöhen. In naher Zukunft werden wir die Crowdsourcing-Funktionalität der Website erheblich erweitern.

Es ist uns bewusst, dass es viele verschiedene Quellen von offenen Daten über Schweizer Lebensmittel gibt. Um diese Quellen zusammenzubringen, freuen wir uns, ein unabhängiger Partner von den Open Food Data Hackdays zu sein, die am 10. und 11. Februar 2017 an der EPFL in Lausanne und an der Zhdk in Zürich stattfinden. Mehr Informationen über diese Veranstaltung und ein Anmeldeformular finden Sie unter https://food.opendata.ch.

Dies ist nur der erste Schritt einer langen Reise. Auf der einen Seite möchten wir viel mehr Daten über Lebensmittel produzieren als das, was sich derzeit auf den Etiketten befindet. DNA-Analysen zum Beispiel werden von Tag zu Tag günstiger, und es ist deshalb durchaus möglich, dass wir bald in der Lage sein werden, den openfood.ch Benutzern zu erlauben, DNA-Sequenz-Daten von Lebensmitteln hochzuladen (siehe https://opensnp.org und http://www.swissdecode.com für Inspiration).

Auf der anderen Seite ist es klar, dass viele Lebensmittel konsumiert werden, die keinen Barcode haben -zum Beispiel all jene Mahlzeiten, die wir in Restaurants essen. In diesem Fall benötigen wir einen anderen Ansatz, um die Zusammensetzung von Lebensmitteln zu erfassen, wie z. B. die Schätzung basierend auf einem Bild von der Mahlzeit. Das openfood.ch Team arbeitet derzeit an diesem Problem und wird bald ein zweites API öffnen, welches nicht auf Barcodes basiert, sondern auf Bildern (Image Recognition API). Selbstverständlich wird dieses API auch offen sein!

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